電子油門加速器存在一些缺點。

手動擋車型加裝后，油門更靈敏，起步或換擋時油離配合難度加大，可能加油不走或車輛憋死。

油門敏感還會使車輛油耗增加，但增加程度一般可接受。

加裝后駕駛風格更激進，自動擋車型降擋積極，在復雜路況或雨雪天氣下，不方便駕駛，帶來安全隱患。

高轉(zhuǎn)速時作用不明顯，開啟全加速模式油耗增加。

對于自動檔車型，快速提升油門信號會造成自動降檔，發(fā)動機轉(zhuǎn)速過高，增加油耗和磨損。

而且現(xiàn)在的加速器無法隨意關(guān)閉，除非拆下。

另外，它只是被動接收并放大油門信號給ECU，重新控制節(jié)氣門開合，并非主動信號設備。但安裝后若設備損壞，車子會以原車模式行駛，不會有太大影響。