如果對首都之窗違章查詢結果有異議，可以通過以下方式處理。

首先，收到有異議的違章短信后，攜帶本人身份證、駕駛證、車輛行駛證到交警部門處理違章，拿到《處罰決定書》，先繳納有異議的罰款，申訴成功后會撤銷違章并退還罰款。

其次，準備好上述材料，到主管公安機關或上一級公安機關道路交通機關領取《行政復議申請表》，詳細填寫相關信息，說明撤銷處罰的原因，并附上相關法律法規(guī)依據，提高申訴成功率。

然后，將填好的資料提交到相關部門窗口，若代辦需提供代辦人身份證和申請人的《委托代理授權書》。

接著，等待交警部門工作人員審核結果。根據規(guī)定，主管公安機關或上一級公安機關道路交通機關應在收到申訴后五日內做出裁定，一般一周內會收到申訴結果。

如果申訴成功，交警部門會撤銷違章處罰并退還罰款；若申訴失敗，也會給出相應原因。若對申訴結果不滿意，還可向當地人民法院提起訴訟。

需要注意的是，申訴時要準備充分的相關證據，比如行車記錄儀視頻、照片等能證明自身行為合法或處罰有誤的材料，以保障自身合法權益。