駕駛證檔案編號查不到的原因可能有以下幾種：

1、機動車輛交通管理部門系統(tǒng)的數(shù)據(jù)尚未更新。這種情況下，只能等待相關(guān)信息全部同步后，在交管12123app上進行查看。

2、更換機動車駕駛證后，資料尚未提交至交管12123app。這需要聯(lián)系辦理更換駕駛證的營業(yè)網(wǎng)點，查詢相關(guān)原因并解決問題。

3、更換機動車駕駛證時，注冊登記地選擇錯誤。這種情況下，在交管12123app上無法查詢到檔案編號。需要到辦理業(yè)務的網(wǎng)點重新核對注冊登記的駕駛證核發(fā)地址，并更新至app上。

此外，如果在交管12123app上沒有查詢到機動車駕駛證的檔案編號，還有可能是因為信息輸入時編號輸入錯誤。這種情況下，需要重新在app上輸入正確的相關(guān)信息進行查詢。