發(fā)動機系統(tǒng)故障燈亮對車輛年檢會有一定影響，屬于不合格項。車輛年檢包含多項檢測內容，如速度表指示檢測、車輛底盤（溝道）檢測、前照燈檢測、方向盤側滑檢測、車輪重量檢測、汽車動態(tài)性能檢測等，這些檢測項目的費用為135元。除此之外，還有一項環(huán)保檢測，即排氣檢測，費用為60元。如果發(fā)動機系統(tǒng)故障與以上檢測項目無關，車輛仍然可以進行年檢，但建議先進行相關維修后再進行年檢，以確保車輛的安全性和性能。

因此，車主在發(fā)現(xiàn)發(fā)動機系統(tǒng)故障燈亮起時，應及時前往專業(yè)維修站進行檢查和維修，以免影響車輛的正常使用和年檢。同時，車主在平時使用車輛時，也應定期對車輛進行保養(yǎng)和維護，以預防潛在故障的發(fā)生。