摩托車駕駛證和汽車駕駛證合并后，扣分會(huì)在這張合并后的證件上扣分，可以說(shuō)在摩托車駕駛證和汽車駕駛證上都要扣分。總共還有12分。不管違章開什么車，還是要扣12分的。以下為擴(kuò)展信息：相關(guān)規(guī)定：公安機(jī)關(guān)交通管理部門對(duì)機(jī)動(dòng)車駕駛?cè)诉`反道路交通安全法律法規(guī)的行為，除依法予以行政處罰外，實(shí)行累積記分制度。公安機(jī)關(guān)交通管理部門對(duì)累計(jì)記分達(dá)到規(guī)定分?jǐn)?shù)的機(jī)動(dòng)車駕駛?cè)耍瑧?yīng)當(dāng)扣留機(jī)動(dòng)車駕駛證，對(duì)其進(jìn)行道路交通安全法律法規(guī)教育，并重新審驗(yàn)。