電子油門加速器的弊端主要是使車輛操作難度變大、車輛油耗增加和不方便駕駛。1、車輛操作難度變大：手動擋的車型在加裝電子油門加速器后，油門變的更加靈敏。所以在車輛起步或者換擋時，油離配合就會更難，可能會出現(xiàn)加油不走或者車輛憋死的情況。2、車輛油耗增加：由于油門更加敏感，在車輛行駛中或多或少就會使油耗有所增加。但是油耗增大程度并不算特別嚴重，一般是可以接受的。3、不方便駕駛：當汽車加裝電子油門加速器后，車輛的駕駛風格就變得更加激進，自動擋車型降擋就會更加積極。在某些道路情況復雜或者雨雪天氣下，電子油門加速器激進的風格會不方便駕駛員駕駛，并且還會帶來一定的安全隱患。