要想公司員工購車補貼協議對員工最有利，以下這些方面很關鍵。

首先，補貼金額要足夠高，比如能涵蓋大部分購車款。像有的協議中給予員工數萬元的補貼，這能大大減輕員工的購車負擔。

其次，車輛購置方式要靈活，以員工名義登記，讓員工能根據自身喜好選購車輛，使用權歸個人，這樣員工能選到心儀的車型。

車輛保險費、稅費和使用產生的其他費用最好由員工承擔，這樣員工能更自主地控制成本。

還有，服務年限的設定要合理。比如服務滿一定年限后，車輛就歸員工所有，公司不再主張返還補貼款。但如果員工在服務年限期滿前離職，賠償金額要明確且合理。

另外，協議中要明確，員工購車時本人應已取得駕駛證。車輛應主要用于工作，不得用作其他用途或借給他人。

同時，公司給予的補貼外，不再支付其他費用，如車輛購置稅、上牌費等由員工自行承擔。比如有的協議還規(guī)定按每個工作日一定金額支付車輛費用報銷，這也能為員工節(jié)省部分開支。

總之，一份對員工有利的購車補貼協議，需要在補貼金額、購置方式、服務年限、費用承擔等方面充分考慮員工的利益，讓員工在享受福利的同時，也能為公司更好地服務。